系统发育网络上系统发育多样性变体优化问题的复杂性
种群与进化
2021-07-20 v1 组合数学
摘要
系统发育多样性（PD）是衡量一组现生物种（分类单元）生物多样性的重要定量指标。该度量基于集合中物种间的进化距离。粗略地说，若 T 是一棵有根系统发育树，其叶集 X 表示一组物种且边具有实值长度（权重），则 X 的子集 S 的 PD 分数等于连接 S 中物种的 T 的极小子树的边权重之和。本文中，我们针对由已知有根系统发育网络相关联的分类单元子集定义了若干自然的 PD 分数变体。在这些变体下，对于正整数 k，我们探讨了当输入限制于不同类别的有根系统发育网络时，在所有大小为 k 的分类单元子集上确定最大 PD 分数的计算复杂性。
引用
@article{arxiv.2107.07834,
title = {On the Complexity of Optimising Variants of Phylogenetic Diversity on Phylogenetic Networks},
author = {Magnus Bordewich and Charles Semple and Kristina Wicke},
journal= {arXiv preprint arXiv:2107.07834},
year = {2021}
}
备注
22 pages, 4 figures