线性时间内计算系统发育平均成对距离的偏度
定量方法
2013-08-02 v1 计算工程、金融与科学
数据结构与算法
摘要
系统发育平均成对距离 (MPD) 是计算给定物种组之间系统发育距离最常用的度量之一。具体而言，对于系统发育树 T 和由 T 的叶节点子集表示的一组物种 R，R 的 MPD 等于 T 中连接 R 中节点对的所有可能简单路径的平均成本。在其他系统发育度量中，MPD 被用作判断给定组 R 的物种是否密切相关的工具。为此，不仅要计算该组的 MPD 值，还要计算该度量的期望、方差和偏度，这一点至关重要。虽然已经开发了高效的算法来计算 MPD 的期望和方差，但迄今为止还没有计算该度量偏度的方法。在本工作中，我们描述了如何在 时间内最优地计算树 T 上 MPD 的偏度；这里 n 是树 T 的大小。这是迄今为止第一个导致对任何流行的系统发育距离度量进行偏度精确计算（更不用说高效计算）的结果。此外，我们展示了如何在 时间内计算 T 中的几个有趣量，这些量可能被用作有效计算其他系统发育度量偏度的构建模块。
引用
@article{arxiv.1307.7825,
title = {Computing the Skewness of the Phylogenetic Mean Pairwise Distance in Linear Time},
author = {Constantinos Tsirogiannis and Brody Sandel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.7825},
year = {2013}
}
备注
Peer-reviewed and presented as part of the 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2013)