用于phylogenetic networks边长校准的一致最小二乘准则
种群与进化
2024-08-06 v2
摘要
在 phylogenetic networks 中，估计边长以每位点替换数或历时时间为单位是理想的，但缺乏可扩展且提供此类估计的方法。本文考虑从遗传距离获取边长估计的问题，面对跨基因和演化线ages的速率变化，当网络拓扑已知时。我们提出一种基于最小二乘法的新方法，该方法既一致又可计算。我们方法的核心是将遗传距离分解为两个部分，其中一个部分在网络的各显示树之间保持不变。随后，对缩放后的遗传距离拟合不变部分，而对平均缩放遗传距离拟合非不变部分。我们证明，只要网络中存在某对 tip 之间的树路径，该准则就是一致的，并且可以从平均距离识别网络中的边长。我们还提供一种在假设分子钟的情况下使用的该准则的受限变体，可用于获取网络中边长的相对历时时间。
关键词
引用
@article{arxiv.2407.19343,
title = {A consistent least-squares criterion for calibrating edge lengths in phylogenetic networks},
author = {Jingcheng Xu and Cécile Ané},
journal= {arXiv preprint arXiv:2407.19343},
year = {2024}
}