我的网络距离基于边有多远？无根系统发育网络的基于边性邻近度量
种群与进化
2022-07-06 v2
摘要
系统发育网络(与树不同，适用于描述杂交和水平基因转移等过程)在进化研究中起着重要作用。然而，尽管非树状事件需要被考虑，但它们相对罕见，这意味着生物学相关网络通常被假定为类似于树，即可以通过取一棵树并添加一些额外边而获得。这一观察导致了所谓基于树的网络概念，近来在文献中获得了大量关注。但不幸的是，在无根情形下识别此类网络是NP完全问题。因此，能够保证基于树性的网络类极为重要。最著名的此类类由所谓基于边的网络构成，其与图论中已知的广义串并行图有密切关系。它们可在线性时间内被识别，并且在某些方面比一般基于树网络在生物学上更合理。虽然针对后者的一般网络的邻近度量已被引入，但基于边性的此类度量尚不可用。这意味着对于任意无根网络，到最近基于边网络的“距离”迄今无法确定。本手稿通过引入两类基于边性的邻近度量填补了这一空白，一类基于给定网络本身，另一类基于其所谓的叶收缩图(LS图)。两类各包含四种不同的邻近度量，我们随后研究了它们的相似与差异。
引用
@article{arxiv.2207.01370,
title = {How far is my network from being edge-based? Proximity measures for edge-basedness of unrooted phylogenetic networks},
author = {Mareike Fischer and Tom Niklas Hamann and Kristina Wicke},
journal= {arXiv preprint arXiv:2207.01370},
year = {2022}
}