成对重排距离的最大似然估计

准确估计分类单元间的进化距离对于许多系统发育重建方法十分重要。在细菌的情况下，距离可以使用一系列不同的进化模型来估计，从单核苷酸多态性到大规模基因组重排。在序列进化模型的情况下（例如Jukes-Cantor模型及相关度量）已被用于校正成对距离。需要类似的基因组重排过程校正方法以改进推断。当前的校正尝试分为三类：经验计算研究、贝叶斯/MCMC方法以及组合方法。这里我们引入一种用于一对基因组间反转距离的最大似然估计量，使用最近引入的建模反转的群论方法。该MLE充当校正距离：特别地，我们表明由于反转序列彼此相互作用的方式，最小距离和MLE距离完全可能对两个基因组距第三基因组的顺序给出不同排序。这对在系统发育重建中使用最小距离具有明显含义。该工作还解决了允许基因组自由旋转时的上述问题。通常锁定参考系，并据此进行所有计算。本工作结合了二面体群的作用，使得距离估计免于任何先验参考系。