用于确定加权基因组重排距离的路径变形框架
组合数学
2020-08-14 v1 种群与进化
摘要
在反转过程下度量两个细菌基因组间的距离，通常假设所有反转以相等概率发生。近来，引入了使用群论计算反转距离的方法，并对仅发生极短反转的模型有效。本文中，我们展示如何使用群论框架为反转集合上的任意权重确立最小距离，推广了先前的方法。为此，我们使用群的重写系统理论，并借助 Knuth--Bendix 算法，这是该理论首次被引入基因组重排问题。该方法的核心思想是利用现有群论方法在基因组空间中找到两基因组间的初始路径（例如仅使用短反转），随后使用由 Knuth--Bendix 算法生成的合流重写规则系统将该路径变形至最优。
引用
@article{arxiv.2008.05560,
title = {A path-deformation framework for determining weighted genome rearrangement distance},
author = {Sangeeta Bhatia and Attila Egri-Nagy and Stuart Serdoz and Cheryl E. Praeger and Volker Gebhardt and Andrew Francis},
journal= {arXiv preprint arXiv:2008.05560},
year = {2020}
}
备注
15 pages, 4 figures. To appear in Frontiers in Genetics: Evolution and Population Genetics, in a special issue on Algebraic and Geometric Phylogenetics