Rearrangement Distance 问题的变体

在比较两个基因组时，重排距离问题的目标是基于基因重排估算这两个基因组的距离。早期关于基因重排的研究假设被比较的两个基因组具有相同的基因集合（平衡基因组），并且仅使用基因的相对顺序及其定向信息（若已知）来表示基因组。在这种情况下，基因组被表示为排列，产生了通过重排排序排列的问题。通过 DCJs、逆转、转位或逆转与转位的组合来考虑通过重排排序排列的主要问题，这些问题的复杂度已为人知。除了这些问题外，还研究了包含逆转和转位的其他问题。虽然这些问题已有近似结果，但其复杂度仍是开放状态。本论文的部分结果是这些问题的复杂度证明。此外，我们提出了一种新的 1.375 近似算法，其时间复杂性更好，适用于通过转位排序排列。当考虑非平衡基因组时，需要使用插入和删除将一个基因组转换为另一个基因组。本论文在仅考虑基因顺序及其定向信息（若已知）以及包含间基因区域大小分布信息的 Intergenic Rearrangement Distance 问题上进行了研究。我们对包含逆转和转位的问题提出了复杂度证明和近似算法。