自然无家族基因组距离
数据结构与算法
2020-07-16 v2
摘要
比较基因组学中的一个经典问题是计算重排距离，即将一个给定基因组转化为另一个给定基因组所需的大规模重排的最小数量。虽然该领域最传统的方法是基于家族的，即要求将 DNA 片段分类为家族，但近来提出了一种替代的无家族方法，其研究无需事先家族分配的重排距离。一方面，无家族设定下基因组距离的计算有助于匹配重复基因的 occurrence 并发现同源性，但另一方面该计算是 NP 难的。在本文中，通过让结构重排由通用的双切割与连接（DCJ）操作表示，并允许 DNA 片段的插入与删除，我们提出了一种新颖且更通用的无家族基因组距离，并给出了求解它的高效 ILP 公式。我们的实验表明，该 ILP 能产生准确结果，且不仅能处理细菌基因组，还能处理真菌与昆虫，或哺乳动物与植物的染色体子集。
引用
@article{arxiv.2007.03556,
title = {Natural family-free genomic distance},
author = {Diego P. Rubert and Fábio V. Martinez and Marília D. V. Braga},
journal= {arXiv preprint arXiv:2007.03556},
year = {2020}
}
备注
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2020, 24 pages, 10 figures, 8 tables