DCJ-Indel模型下自然基因组的小简约问题
数据结构与算法
2021-08-11 v1
摘要
重建祖先基因顺序是理解基因组演化的重要一步。对此，小简约问题（SPP）已被广泛研究。该问题旨在寻找给定系统发育树内部节点上的基因顺序，使得沿树枝的总体基因组重排距离最小化。然而，在大多数基因组重排模型中，该问题是难解的，尤其是当考虑基因重复和丢失时。在这项工作中，我们描述了一个整数线性规划算法，用于求解自然基因组（即包含保守的、唯一的和重复的标记的基因组）的SPP。我们考虑的演化模型是DCJ-indel模型，其中包含双切与连接重排操作以及基因组片段的插入和缺失。我们在模拟数据上评估了我们的算法，并表明它能够在一个非常全面的演化模型中非常高效且准确地重建祖先基因顺序。
引用
@article{arxiv.2108.04297,
title = {Small Parsimony for Natural Genomes in the DCJ-Indel Model},
author = {Daniel Doerr and Cedric Chauve},
journal= {arXiv preprint arXiv:2108.04297},
year = {2021}
}