关于采样 SCJ 重排场景
计算工程、金融与科学
2013-04-09 v1
摘要
基因组上的单切或连接 (Single Cut or Join, SCJ) 操作是通过融合和分裂推广染色体演化的模型，是已知计算最简单的基因组重排模型。虽然大多数基因组重排问题在比较三个基因组时已属困难，但对于由二叉系统发育树关联的任意数量基因组，可以在多项式时间内计算最简约的 SCJ 场景。本文探讨了采样和计数最简约 SCJ 场景的问题。我们表明，对于两个基因组，采样和计数问题都是容易的，并将 SCJ 场景与交错排列联系起来。然而，对于由二叉系统发育树关联的任意数量基因组，计数和采样问题变得困难。我们证明，如果存在用于最简约 SCJ 场景的完全多项式随机近似方案 (FPRAS) 或完全多项式几乎均匀采样器 (FPAUS)，则 RP = NP。该证明的范围超越了基因组重排：同样的结果适用于任何离散字符集上的简约演化场景。
引用
@article{arxiv.1304.2170,
title = {On sampling SCJ rearrangement scenarios},
author = {Istvan Miklos and Sandor Z. Kiss and Eric Tannier},
journal= {arXiv preprint arXiv:1304.2170},
year = {2013}
}