基因组重排模型中的复杂性与枚举
基因组学
2024-09-30 v4 计算复杂性
组合数学
摘要
本文研究了若干基因组重排模型中枚举的计算复杂性。我们首先证明，单剪切与连接（Single Cut-and-Join）模型（Bergeron, Medvedev, & Stoye, J. Comput. Biol. 2010）中的成对重排问题是 完全的（在多项式时间图灵归约下）。接着，我们证明在单剪切或连接（Single Cut or Join）模型（Feijao & Meidanis, IEEE ACM Trans. Comp. Biol. Bioinf. 2011）中，枚举所有中位数（Median）的问题是 logspace 可计算的（），改进了 Miklós & Smith（RECOMB 2015）先前给出的多项式时间（）界。
引用
@article{arxiv.2305.01851,
title = {Complexity and Enumeration in Models of Genome Rearrangement},
author = {Lora Bailey and Heather Smith Blake and Garner Cochran and Nathan Fox and Michael Levet and Reem Mahmoud and Elizabeth Matson and Inne Singgih and Grace Stadnyk and Xinyi Wang and Alexander Wiedemann},
journal= {arXiv preprint arXiv:2305.01851},
year = {2024}
}
备注
Full version of paper that appeared in COCOON 2023: https://doi.org/10.1007/978-3-031-49190-0_1