无定年树的精确协调
种群与进化
2014-10-28 v1
摘要
协调方法旨在通过观察基因家族树与物种树之间的差异，恢复宏观进化事件并将其定位在物种历史中。本文针对在缺乏物种形成定年信息的情况下，计算基因树与物种树之间最简约且时间一致的协调这一 NP 难问题，提出了一种整数线性规划 (Integer Linear Programming, ILP) 方法。该基于 DTL 模型的 ILP 公式，能够返回遍历物种树节点所有可能定年方案的最简约协调结果。通过对合理模拟数据的性能研究，我们得出结论：ILP 方法显著快于对所有可能物种树定年方案进行暴力搜索的方法。尽管目前的 ILP 公式仅适用于小型树，但我们认为这是一个重要的概念验证，为开发基于简约性的物种树定年精确方法开辟了道路。相关软件 (ILPEACE) 可供免费下载。
引用
@article{arxiv.1410.7004,
title = {Exact reconciliation of undated trees},
author = {Leo van Iersel and Celine Scornavacca and Steven Kelk},
journal= {arXiv preprint arXiv:1410.7004},
year = {2014}
}