脆性断裂模型下真实进化距离的估计
基因组学
2017-05-29 v2 概率论
种群与进化
定量方法
摘要
估计现存基因组间进化距离的能力在许多系统发育基因组学研究中起着关键作用。此类估计常基于简约假设，即两个基因组间的距离可估计为重排距离，等于将一个基因组转化为另一个所需的最小基因组重排数。然而，现实中简约假设未必总成立，这强调了不依赖重排距离的估计之需。考虑两个基因组间实际（而非最小）重排数的距离常被称为真实进化距离。虽存在一种真实进化距离估计方法，但其假设基因组在进化过程中可在任意位置被重排等可能地打断。这一被称为随机断裂模型的假设近来已被驳斥，转而支持更严谨的脆性断裂模型，该模型假定仅某些“脆性”基因组区域易于发生重排。我们提出一种在脆性断裂模型下估计两个基因组间真实进化距离的新方法。我们在模拟基因组上评估了所提方法，显示其高精度。我们进一步将所提方法应用于一组五个酵母基因组和一组两个鱼类基因组的进化距离估计。
引用
@article{arxiv.1510.08002,
title = {Estimation of the True Evolutionary Distance under the Fragile Breakage Model},
author = {Nikita Alexeev and Max A. Alekseyev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.08002},
year = {2017}
}