作为具有电阻距离电路的系统发育网络
组合数学
2020-10-01 v4 最优化与控制
摘要
系统发育网络的重建是出了名的困难。在此我们提出，将系统发育网络边上未知的遗传距离类比为电路中未知的电阻可能是有用的。这种在图论中众所周知的电阻距离，具有很好的数学性质，使得网络的精确重建成为可能。具体而言，我们证明了加权1-嵌套网络的电阻距离是Kalmanson的，并且唯一相关的圆形分裂网络完整地表示了原始系统发育网络（或电路）的分裂。事实上，这种完整表示对应于1级网络的平衡最小进化多面体的一个面。因此，原始网络的未加权类可以通过贪心算法neighbor-net或通过平衡最小进化多面体上的线性规划来重建。我们开始研究具有最小路径距离和电阻距离的2-嵌套网络，并包含了一些关于2-嵌套网络的计数结果。
引用
@article{arxiv.2007.13574,
title = {Phylogenetic networks as circuits with resistance distance},
author = {Stefan Forcey and Drew Scalzo},
journal= {arXiv preprint arXiv:2007.13574},
year = {2020}
}
备注
arXiv admin note: text overlap with arXiv:2004.11944