残差重采样：进化树和系统基因组学中误差与拟合的稳健估计

系统基因组学比传统系统发育学更需要表示由于系统误差导致的进化树不确定性。这里我们展示了酵母基因组规模比对的分析，使用了稳健的度量来评估在使用灵活加权最小二乘法时距离对树的加性拟合程度。使用了多种DNA和蛋白质距离。我们探索了残差的性质，对其进行了标准化，然后通过重采样这些残差创建了重复数据集。在该模型下，结果显示与传统的序列自举法非常相似。对于真实数据，它们揭示了树中的不确定性，这些不确定性要么是由于低估了随机误差（从而严重高估了有效序列长度），要么是由于系统误差。这些方法被扩展到非常快速的BME准则，并取得了同样有希望的结果。