系统发育导数：重组存在下评估局部树重建的工具
定量方法
2017-10-31 v1 种群与进化
摘要
近来，多个领域对理解染色体上重组事件的关注颇多。例如，许多群体遗传学问题受限于从群体中随机采样染色体的推断进化史的不准确性。由于染色体上重组事件的影响，该进化史在不同基因组位置有所差异。因此，近期大量关注集中于识别这些重组点。然而，许多已有方法要么对染色体上重组做出简化却不现实的假设，要么无法扩展到已成为统计遗传学常态的大规模全基因组数据。在此，我们引入一种\emph{系统发育导数}来描述染色体上相邻树的亲缘关系。该系统发育导数是一种计算高效、灵活的度量，也可用于评估染色体上重组的普遍程度。这些所提方法经测试，在分析模拟数据与真实小鼠数据集时均表现良好。
引用
@article{arxiv.1710.10326,
title = {Phylogenetic Derivative: A Tool for Assessing Local Tree Reconstruction in the Presence of Recombination},
author = {Jacqueline Kane and Joseph Rusinko and Katherine Thompson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.10326},
year = {2017}
}