phylogenetic trees extension spaces 之间的距离
定量方法
2026-04-24 v1
摘要
phylogenetic trees 概括了生物体之间演化关系的工具，使我们能够分析不同基因 ancestries 的差异。 BHV 度量空间已促进了共享相同叶子集的 phylogenetic trees 集合的分析，但许多基因甚至在亲缘关系紧密的物种之间也不共享。 BHV extension spaces 表示叶子集不相同的所有 phylogenetic trees 到 common BHV space 中，但目前缺乏用于分析 extension spaces 的工具。我们将两个叶子集不相同的 phylogenetic trees 之间的距离定义为其 extension spaces 之间最短的 BHV 距离，并开发了一种简化梯度算法来计算此距离。我们研究了算法的可扩展性，并将其应用于分析跨越多个生命领域的 gene trees。我们的距离和算法提供了一种全新且可解释的方法，用于分析古老和近期的演化分歧。
引用
@article{arxiv.2407.00227,
title = {Distances between Extension Spaces of Phylogenetic Trees},
author = {Maria Alejandra Valdez Cabrera and Amy D Willis},
journal= {arXiv preprint arXiv:2407.00227},
year = {2026}
}