柔性加权最小二乘系统发育树中指数权重的用途

进化树上的柔性加权最小二乘法使用进化距离的简单多项式或指数函数来代替基于模型的方差。其优势在于可以更灵活地建模与可加性的意外偏离。目前仅使用了多项式权重。然而，为了与多项式权重进行比较，并可能利用最近在树上快速最小二乘边长估计的见解，需要一类通用的指数权重。本文描述了树上的乘法权重族，以及数据与树的拟合度量。结果表明，多项式权重和乘法权重都能很好地近似进化距离的基于模型的方差。将两种模型拟合到来自酵母基因组的进化数据，虽然多项式权重模型拟合更好，但指数权重模型比普通最小二乘法拟合好得多。评估了迭代最小二乘法，当数据处于预期有用进化距离和简单字符变化马尔可夫模型的范围内时，该方法收敛迅速，且拟合统计量变化极小。总之，多项式加权和指数加权最小二乘法都表现良好，这证明了进一步投入开发评估进化树的最快算法的合理性。