等变模型下系统发育混合物的空间
种群与进化
2012-11-20 v2 代数几何
摘要
选择最合适的进化模型来分析给定的分子数据通常由生物学家自行决定。在其著名著作中，J Felsenstein 提出，在系统发育树叶子处观察到的模式期望概率所满足的某些线性方程可用于模型选择。关于这些方程是否足以刻画进化模型的问题仍然悬而未决。在此，我们证明，对于等变进化模型，满足这些线性方程的概率分布空间与由一组分类单元上的树的混合产生的分布空间是一致的。换句话说，我们证明，一个序列比对是在等变进化模型下由系统发育树的混合产生的，当且仅当其列模式的分布满足上述线性方程。此外，对于每个等变模型和任意数量的分类单元，我们提供了一组线性无关的方程来定义这个系统发育混合物的空间。这是一个强大的工具，已成功用于模型选择。我们还利用所得结果研究了系统发育混合物的可辨识性问题。
引用
@article{arxiv.1110.0920,
title = {The space of phylogenetic mixtures for equivariant models},
author = {Marta Casanellas and Jesus Fernandez-Sanchez and Anna Kedzierska},
journal= {arXiv preprint arXiv:1110.0920},
year = {2012}
}
备注
28 pages, 1 figure; to appear in Algorithms for Molecular Biology