单棵树上的系统发育混合可以模拟另一拓扑结构的树
种群与进化
2007-06-30 v3
摘要
系统发育混合模型对数据中常见的非均质分子演化进行了建模。当底层数据由混合模型生成时，系统发育重构方法的性能引发了近期的大量争论。争议很大程度上源于在给定树拓扑结构上对混合模型数据的模拟，而重构算法却输出不同拓扑结构的树；这些发现被用来证明特定树重构方法的缺陷。在此过程中，其潜在假设是：给定足够的数据和“正确”的方法，一种拓扑结构上的混合模型数据可以与在另一种拓扑结构的未混合树上演化的数据区分开来。我们在此表明，该假设可能是错误的。对生物学家而言，我们的结果意味着，例如，来自两个基因的组合数据（其系统发育树仅在分支长度上有所不同）可以完美拟合另一拓扑结构的树。
引用
@article{arxiv.0704.2260,
title = {Phylogenetic mixtures on a single tree can mimic a tree of another topology},
author = {Frederick A. Matsen and Mike Steel},
journal= {arXiv preprint arXiv:0704.2260},
year = {2007}
}