基于群论模型的两树混合物的可辨识性
种群与进化
2009-12-18 v2 代数几何
摘要
可能来自两个不同树拓扑的系统发育数据可能通过多种生物机制混合，包括不完全谱系分选或水平基因转移（对于不同拓扑的情况），或者对于相同拓扑的情况，仅仅是字符上不同的替代过程。最近关于字符变化的2态对称模型的研究表明，这种混合模型具有不可辨识的参数，因此在这种情形下，理论上不可能从任何数量的数据中确定两个树拓扑。本文研究了与DNA序列数据更相关的4态基于群论模型的两树混合物的可辨识性问题。利用代数技术，我们证明了JC和K2P模型的树参数是可辨识的。我们还证明了JC混合模型的一般替代参数是可辨识的，对于K2P和K3P模型，获得了同一树上混合物的通用可辨识性结果。这表明完整的系统发育信号仍存在于此类混合物中，因此2态对称结果对其他模型行为的指导具有误导性。
引用
@article{arxiv.0909.1854,
title = {Identifiability of 2-tree mixtures for group-based models},
author = {Elizabeth S. Allman and Sonja Petrović and John A. Rhodes and Seth Sullivant},
journal= {arXiv preprint arXiv:0909.1854},
year = {2009}
}
备注
13 pages, 3 figures; updated to reflect minor changes in version to be published, reference included to supplementary materials for calculations