混合树:系统发育混合模型的结构
种群与进化
2007-11-08 v3
摘要
本文将新的几何与组合方法应用于系统发育混合模型的研究。几何方法的重点在于刻画两态随机簇模型(它是两态对称(CFN)模型的推广)的系统发育混合分布的几何性质。具体而言,我们证明混合分布的集合构成一个凸多面体,并计算其维数;推论包括一个简单准则,用于判断星形树上分支长度的混合何时能够模拟一棵已分辨四叉树的位点模式频率向量。此外,通过计算多面体的体积,我们可以阐明在 CFN 模型下非可识别混合有多"常见"。我们还提出一个新的组合结果,将任意一对大小为六的树的特定可识别性结果推广到任意一对树。接下来我们给出一个正面结果,证明跨位点速率模型的可识别性。最后,我们回答了先前一篇论文中提出的关于 CFN 模型下大于四叉树的树上"混合分支排斥"的问题。
引用
@article{arxiv.0705.4328,
title = {Mixed-up trees: the structure of phylogenetic mixtures},
author = {Frederick A. Matsen and Elchanan Mossel and Mike Steel},
journal= {arXiv preprint arXiv:0705.4328},
year = {2007}
}