大规模系统发育树上非参数位点间速率模型的可辨识性与推断
概率论
2011-09-30 v1 计算工程、金融与科学
数据结构与算法
统计理论
种群与进化
统计理论
摘要
众所周知，位点间的突变率变异会导致从分子序列重建进化树时出现困难，特别是可辨识性问题。本文介绍了一种估计通用位点间速率模型的新方法。我们的结果特别表明，在速率变异下，大规模系统发育树通常是可辨识的。我们还推导了高概率重建所需的序列长度要求。我们的主要贡献是一种新颖的算法，该算法根据突变率对位点进行聚类。在此位点聚类步骤之后，可以使用标准重建技术来恢复系统发育树。我们的结果基于一个基本见解：对于大型树，某些位点统计量会经历测度集中现象。
引用
@article{arxiv.1108.0129,
title = {Identifiability and inference of non-parametric rates-across-sites models on large-scale phylogenies},
author = {Elchanan Mossel and Sebastien Roch},
journal= {arXiv preprint arXiv:1108.0129},
year = {2011}
}