基于树上偏移随机过程的系统发育自适应偏移检测
应用统计
2017-08-24 v3 种群与进化
摘要
比较与进化生态学家关注相关物种间数量性状的分布。这些分布的经典框架由沿着关联物种的系统发育树分支运行的随机过程构成。我们考虑过程参数的偏移，其揭示了针对生态位变化的快速适应。我们证明带偏移的模型一般而言不可辨识。将模型约束为偏移数量上简约可部分缓解该问题，但若干进化情景仍能为现存物种提供相同的联合分布。我们提供递归算法枚举所有等价情景并计数有效不同情景。我们引入不完全数据框架，并基于EM算法开发了最大似然估计过程。最后，我们提出一种基于有效情景基数的模型选择过程，以估计偏移数量并证明了预言不等式。
引用
@article{arxiv.1508.00225,
title = {Detection of adaptive shifts on phylogenies using shifted stochastic processes on a tree},
author = {Paul Bastide and Mahendra Mariadassou and Stéphane Robin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.00225},
year = {2017}
}
备注
Corrected version. Also deposed on BioRxiv: http://dx.doi.org/10.1101/023804