具有Gamma分布速率的分子进化马尔可夫模型的可识别性
统计理论
2008-02-01 v2 种群与进化
统计理论
摘要
从生物序列推断进化树和进化速率通常使用性状变化的连续时间马尔可夫模型来进行。马尔可夫过程沿未知的树演化，而观测仅来自树的末端。速率异质性存在于大多数真实数据集中，并通过使用灵活的混合模型来解释，其中每个位点允许有其自身的速率。关于目前在数据分析中常用模型的可识别性，已有严格建立的结果极少，尽管半参数模型的不可识别性已被证明，且针对一般参数模型（GTR+Gamma+I）曾发表过一个错误的可识别性证明。这里我们证明，最广泛使用的模型之一（GTR+Gamma）对于一般参数是可识别的，并且在4态（DNA）模型的情况下对于所有参数选择均是可识别的。这是首个针对具有速率连续分布的系统发育模型可识别性的证明。
引用
@article{arxiv.0709.0531,
title = {Identifiability of a Markovian model of molecular evolution with Gamma-distributed rates},
author = {Elizabeth S. Allman and Cecile Ane and John A. Rhodes},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.0531},
year = {2008}
}
备注
35 pages, 3 figures; Minor revisions and reformatting to reflect version to be published