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位点间速率模型中的不可识别分化时间

种群与进化 2007-05-23 v2 基因组学

摘要

系统发育推断中的位点间速率假设认为,控制某字符在假定系统发育树某条边上马尔可夫进化的速率矩阵,是该字符特有比例因子与属于该边的特定速率矩阵之积。因此,除某些字符进化较快外,所有字符基本遵循相同过程。为估计此类模型的树拓扑与边长,通常假设比例因子并非任意未知常数,而是来自某参数分布族的未观测独立同分布抽样。伽马族是常用选择。我们考虑一个含三分类单元、一条未知边长及包含伽马族的比例因子分布参数族的类钟树实例。该模型具有如下性质:对未知边长与比例因子分布的泛型选择,存在另一边长与比例因子分布生成完全相同的数据分布,故即便有无限多数据,通常也无法正确推断未知边长。

关键词

引用

@article{arxiv.q-bio/0408011,
  title  = {Unidentifiable divergence times in rates-across-sites models},
  author = {Steven N. Evans and Tandy Warnow},
  journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0408011},
  year   = {2007}
}

备注

13 pages, update to include referee's comments, to appear in IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics