与异质替代速率相容的系统发育模型新层次
种群与进化
2014-12-05 v1
摘要
当DNA替代的底层过程随演化历史而变化时，标准系统发育方法所依赖的标准Markov模型在数学上是不一致的。最突出的例子是通用时间可逆模型（GTR）及其部分（而非全部）子模型。为弥补这一缺陷，Lie Markov模型被发展为一类在面对变化的DNA替代过程时具有一致性的模型。一些广泛使用的知名模型属于此类，但它们要么过于简化（如Kimura双参数模型），要么过于复杂（如通用Markov模型）。在一组多样化的生物数据集上，我们测试了一个涵盖完整参数丰富度范围的Lie Markov模型层级。以广受欢迎的GTR模型为基准，我们发现Lie Markov模型整体表现非常出色，其中表现最佳的模型具有八个参数，并且能够识别嘌呤和嘧啶之间的区别。
引用
@article{arxiv.1412.1525,
title = {A new hierarchy of phylogenetic models consistent with heterogeneous substitution rates},
author = {Michael D. Woodhams and Jesús Fernández-Sánchez and Jeremy G. Sumner},
journal= {arXiv preprint arXiv:1412.1525},
year = {2014}
}
备注
20 pages. Supplementary files available via email