最大频率基因树：一种简化的基因组尺度方法以克服分子系统发育中的不一致性
基因组学
2008-06-09 v3
摘要
基因组和基因在进化过程中发生多样化；然而，基因在多大程度上仍保留物种间的关系尚不清楚。分子系统发育研究的模式物种包括基因组已被测序的酵母和病毒，以及具有化石支持的真实系统树的植物。在本研究中，我们使用所比较物种间的所有直系同源基因，生成了七个酵母物种的单基因树以及九个杆状病毒物种的单基因树。七个已知植物间的同源基因用于验证该发现。使用了四种算法：最大简约法、最小进化法、最大似然法和邻接法。在加权基因间 DNA 和蛋白质序列长度前后分别重建了树。很少有一个基因能通过所有四种算法始终生成“真实树”。然而，在酵母、杆状病毒或植物中，最频繁的基因树（称为“最大基因支持树”，MGS 树，或加权版本为 WMGS 树）始终被发现是物种间的“真实树”。结果为所分析基因组的直系同源基因总体分化程度提供了见解，并提示如下：1）所研究物种间的真实树关系仍由最大组的直系同源基因维持；2）遗传上较近的物种间通常比遗传上较远的物种间具有更高相似性的直系同源基因更多；3）最大基因支持树反映了比较中的物种间系统发育关系。关键词：基因组，基因进化，分子系统发育，真实树
引用
@article{arxiv.q-bio/0609003,
title = {Maximum-frequency gene tree: a simplified genome-scale approach to overcoming incongruence in molecular phylogenies},
author = {Yunfeng Shan and Xiu-Qing Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0609003},
year = {2008}
}
备注
10 pages, 5 figures, Evolution 2006, July 23-27 Stony Brook University, NY, USA