基于叶绿体核心基因子集推断强支持系统发育树的混合遗传算法与 Lasso 检验方法

完全测序的叶绿体基因组数量每天都在迅速增加，使得构建大规模植物物种系统发育树成为可能。考虑到根据叶绿体定义的一组近缘植物物种，由其核心基因推断出的系统发育树未必具有良好的支持度，这是由于可能出现“问题”基因（即同塑性、不完全谱系分选、水平基因转移等），从而模糊系统发育信号。然而，如果问题基因的数量较少，仍可获得可信的系统发育树，问题在于确定能产生最佳支持树的最大核心基因子集。为了剔除问题基因并应对可能的组合数量巨大，我们提出了一种嵌入遗传算法和统计检验的混合方法。给定一组生物体，其结果是一个用于生成强支持系统发育树的多阶段流程。该方案已应用于不同的植物科案例，并为这些科带来了令人鼓舞的结果。