大型植物物种集高支持度系统发育树构建的改进核心基因预测
基因组学
2015-04-24 v1 计算工程、金融与科学
摘要
推断能精确反映进化过程且高支持度的系统发育树是一项具有挑战性的任务，这完全依赖于相关核心基因的发现方式。在以往的计算生物学研究中，许多主要依赖计算序列比对矩阵的基于相似性的算法被提出以寻找它们。在这类方法中，从给定注释工具提取的两个编码序列之间的极高相似性分数意味着二者具有相同的基因。在先前的工作文章中，我们提出了一种质量测试方法(QTA)，通过结合两种注释工具（即NCBI，一个部分人工管理的数据库，和DOGMA，一种高效的叶绿体注释算法）来改进核心基因质量。该方法利用序列相似性和基因特征两者的优势，以保证核心基因组包含正确且聚类良好的编码序列（即基因）。然后我们在本文中展示了这些定义良好的核心基因对于生物分子系统发育重建的用处，通过在不同科或属水平上研究核心基因的各种子集，产生具有强自举支持的子树，最终合并为一个高支持度的超树。
引用
@article{arxiv.1504.06110,
title = {Improved Core Genes Prediction for Constructing well-supported Phylogenetic Trees in large sets of Plant Species},
author = {Bassam AlKindy and Huda Al-Nayyef and Christophe Guyeux and Jean-François Couchot and Michel Salomon and Jacques M. Bahi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.06110},
year = {2015}
}
备注
12 pages, 7 figures, IWBBIO 2015 (3rd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering)