利用离散粒子群优化算法基于最大核心基因子集构建高支持度系统发育树
种群与进化
2017-06-28 v1 人工智能
定量方法
摘要
完整的叶绿体基因组数量与日俱增，使得在生物分子时代重新思考植物系统发育成为可能。针对一组共享约上百个核心叶绿体基因的近缘植物，本文聚焦于如何提取最大序列子集，以获得支持度最高的物种树。鉴于计算复杂性，我们提出了一种离散分布式粒子群优化算法（DPSO）。该算法最终被应用于蔷薇目（Rosales）的核心基因分析。
引用
@article{arxiv.1706.08514,
title = {Well-supported phylogenies using largest subsets of core-genes by discrete particle swarm optimization},
author = {Reem Alsrraj and Bassam AlKindy and Christophe Guyeux and Laurent Philippe and Jean-François Couchot},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.08514},
year = {2017}
}
备注
arXiv admin note: substantial text overlap with arXiv:1608.08749