基于全基因组 EST 数据挖掘方法解决分子系统发育的不一致性
基因组学
2007-05-23 v2
摘要
六种植物的 36 个单基因使用最大简约法推断出 18 棵独特的树。这种不一致性是一个重要问题，如何重建一致树仍是分子系统发育中最具挑战性的问题之一。为解决此问题，通过从 GenBank 检索六株绿色植物的 144 个共享基因的巨量 EST 数据，系统性地研究了一种全基因组 EST 数据挖掘方法。结果表明，当使用 144 个基因时，串联比对方法克服了单基因系统发育间的不一致性，并成功重建了六物种的一致树，每分支均具有 100% 折刀支持率。正确分支的折刀支持率随基因数量线性增加，但错误分支的支持率也线性增加。为推断一致树，至少需要 30 个基因。该方法可能为解决系统发育冲突提供潜在能力。关键词：全基因组；数据挖掘；EST；系统发育；一致树；折刀支持；植物。
引用
@article{arxiv.q-bio/0609004,
title = {Genome-wide EST data mining approaches to resolving incongruence of molecular phylogenies},
author = {Yunfeng Shan},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0609004},
year = {2007}
}
备注
13 pages, 7 figures