细菌基因组重排中倒位与缺失的代数模型
环与代数
2023-07-11 v2
摘要
倒位（有时亦称反转）是细菌基因组间变异的主要贡献者，研究表明涉及少量区域的倒位比较大规模倒位更可能发生。缺失可能通过与被删除相同的生物学机制在细菌基因组中产生，因此一个同时包含两者的模型是可取的。然而，尽管基因组间倒位距离已被充分研究，尚无考虑缺失与倒位组合的模型。为解释这两种操作，我们引入一个利用部分置换的代数模型。这导出一个算法，用于计算两个经倒位（相邻区域）与缺失演化的细菌基因组到最近共同祖先的最小距离。该代数模型通过纳入缺失使现有短倒位模型更完整与真实，并将新的代数工具引入进化距离问题。
引用
@article{arxiv.2209.07963,
title = {An algebraic model for inversion and deletion in bacterial genome rearrangement},
author = {Chad Clark and Julius Jonušas and James D. Mitchell and Andrew Francis},
journal= {arXiv preprint arXiv:2209.07963},
year = {2023}
}
备注
19 pages, 10 figures