蛋白质接触网络建模

蛋白质是一类重要的生物分子，是细胞的基本构建模块。其三维结构决定了其功能。本论文采用网络理论方法研究了蛋白质结构。在此过程中，我们使用了一种粗粒化方法，即复杂网络分析。我们在两个长度尺度上将蛋白质结构建模为蛋白质接触网络（PCN）和长程相互作用网络（LINs）。我们发现，由于具有高程度的聚集性，蛋白质属于小世界网络。除了小世界特性外，我们还发现蛋白质具有另一个普遍性质，即同配性（assortativity）。这是一个有趣且非凡的发现，因为除社交网络外，所有其他复杂网络已知均为异配性（disassortative）。重要的是，通过构建适当的对照，我们识别出了同配性的一个主要拓扑决定因素。