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从聚合物到蛋白——短紧凑管状结构的新型相

统计力学 2009-11-10 v1 无序系统与神经网络 软凝聚态物质 q-bio

摘要

本文提出一种框架,用于理解蛋白质的共同特征。蛋白质是线性链分子,但将其视为由球形单体通过链桥连接的简单聚合物模型无法解释其观察到的许多特征。作者指出,蛋白质可被视为具有非零厚度的管状结构。这种方法使得将传统紧凑聚合物相与大自然所采用的新型相相结合成为可能。对任意厚度的管状(或薄膜)的连续描述要求使用恰当选取的多体相互作用而非两体相互作用。作者认为,折叠蛋白的结构基于几何考虑选取,位于紧凑态的边缘,从而解释了其多样性和柔性。该方法还解释了为什么螺旋和 sheets 是蛋白质结构的基本单元。

关键词

引用

@article{arxiv.cond-mat/0301220,
  title  = {From polymers to proteins -- novel phases of short compact tubes},
  author = {Jayanth R. Banavar and Amos Maritan},
  journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0301220},
  year   = {2009}
}

备注

30 pages, 5 figures