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蛋白质结构的构建模块——物理学与生物学的交汇

生物大分子 2021-07-14 v2 软凝聚态物质 统计力学 生物物理

摘要

球状蛋白质的天然态结构稳定且紧密堆积,表明在折叠条件下自相互作用优于蛋白质-溶剂相互作用。我们以此为指导原则,在无可调参数、无氨基酸序列信息、无化学细节的情况下,推导出了蛋白质结构构建模块(组装成 β-折叠的 α-螺旋与链)的几何特征。数学与物理的必然要求同量子化学规则之间几乎完美契合。我们的理论建立了一个能量景观,通过提供独立于序列的平台来 elaborating 依赖于序列的功能多样性,从而引导蛋白质演化。我们的工作凸显了离散性在生命中的关键作用,并对人工生命的创造以及宇宙中其他地方生命的性质具有启示意义。

关键词

引用

@article{arxiv.2011.05514,
  title  = {Building blocks of protein structures -- Physics meets Biology},
  author = {Tatjana Škrbić and Amos Maritan and Achille Giacometti and George D. Rose and Jayanth R. Banavar},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2011.05514},
  year   = {2021}
}

备注

32 pages, 6 figures, 2 tables; Added key sentence about the important role of amino acid side chains in providing steric constraints