蛋白折叠的几何学
统计力学
2007-05-23 v1 软凝聚态物质
q-bio
摘要
本文旨在回答两个问题：原核态蛋白二级结构是否存在简单的变分原理依据？是否存在一种通用方法，能够定性地捕捉折叠过程的关键特征，对于解释和指导实验有何帮助？我们提出了三种不同的解决第一问题的方法，表明蛋白原核态拓扑结构发挥关键作用。第二个问题关于蛋白折叠动力学仍是一个具有挑战性的问题——描述氨基酸之间及其与溶剂相互作用的详细机制是一项艰巨任务。我们在解决第一个问题中所获启发基础上，将所得方法应用于各种蛋白的折叠，包括 HIV 蛋白酶和膜蛋白。将要呈现的结果为探索性视角：这两个问题似乎密切相关。此处报告的各种结果均支持自然界为可行蛋白折叠形式选择特殊标准的观点，从最佳紧凑性到对原核态的最大动力学和几何可及性。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0105209,
title = {Geometrical aspects of protein folding},
author = {Jay Banavar and Amos Maritan and Cristian Micheletti and Flavio Seno},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0105209},
year = {2007}
}
备注
Lectures held at the "Enrico Fermi Summer School" - Varenna. 35 pages, 23 figures