蛋白质内氨基酸的加权与非加权网络

单个蛋白质的结构信息编码于相互作用氨基酸的网络之中。将每个蛋白质视为氨基酸的加权与非加权网络，我们分析了总共四十九个蛋白质结构，涵盖了地球生命的三个分支。我们的结果表明，网络连通性的概率度分布服从泊松分布；而概率强度分布不服从任何已知分布。然而，氨基酸节点的平均强度取决于其度(k)。对于部分蛋白质，节点强度随k线性增加。另一方面，对于另一组蛋白质，尽管在k较小时强度随k线性增加，我们在k较大时未能得到强度与度的任何明确函数关系。结果还表明，属于高度连接节点的氨基酸节点的权重往往具有较高的值。加权网络的平均聚类系数小于非加权网络这一结果意味着，拓扑聚类是由低权重边产生的。蛋白质网络的平均聚类系数与相应经典随机网络的平均聚类系数之比随蛋白质氨基酸数目(N)线性变化；而特征路径长度之比随N对数变化。加权与非加权网络的聚类系数作为度k的函数的幂律行为表明，该网络具有层次网络的特征。我们还观察到该网络为同配型网络。