蛋白质内疏水、亲水与带电氨基酸的网络

单个蛋白质天然的三维结构由其组成氨基酸的理化性质决定。二十种不同类型的氨基酸根据其理化性质可分为三大类——疏水性、亲水性和带电性。我们针对大量蛋白质分别研究了疏水、亲水和带电残基的加权与未加权网络结构。我们的结果表明，疏水网络的平均度显著大于亲水和带电网络。亲水网络的平均度略高于带电网络。疏水网络节点的平均强度几乎等于带电网络；而亲水网络的平均强度小于疏水和带电网络。三类网络各自的平均强度随其度变化。带电网络中节点平均强度比疏水和亲水网络增长更陡。三类网络均表现出“小世界”特性。我们的结果进一步表明，全部氨基酸网络和疏水网络属于同配型。虽然大多数亲水和带电网络为同配型，少数其他网络具有节点异配混合的特征。我们进一步观察到，全部氨基酸网络和疏水网络带有层级结构特征；而亲水和带电网络没有任何层级特征。