我们的蛋白质有多黏？量化人类蛋白质组的疏水性
生物大分子
2021-07-27 v1
摘要
蛋白质在折叠过程中倾向于将疏水残基埋藏在内部核心，以赋予蛋白质结构稳定性并防止聚集。然而，蛋白质确实会将一些“黏性”疏水残基暴露于溶剂中。这些残基可发挥重要的功能作用，例如在蛋白质-蛋白质和膜相互作用中。在此，我们通过提供三种表面疏水性度量来研究蛋白质表面的疏水程度：总疏水表面积（THSA）、相对疏水表面积（RHSA），以及利用我们的 MolPatch 方法得到的最大疏水斑块（LHP）。其次，我们分析了从序列预测这些度量的难度：通过改编 NetSurfP2.0 的溶剂可及性预测，我们获得了针对 THSA 和 RHSA 性能良好的预测方法，而预测 LHP 则更为困难。最后，我们分析了暴露疏水表面的影响：我们表明疏水性蛋白质通常表达量较低，提示细胞避免黏性蛋白质的过量存在。
引用
@article{arxiv.2107.11837,
title = {How sticky are our proteins? Quantifying hydrophobicity of the human proteome},
author = {Juami Hermine Mariama van Gils and Dea Gogishvili and Jan van Eck and Robbin Bouwmeester and Erik van Dijk and Sanne Abeln},
journal= {arXiv preprint arXiv:2107.11837},
year = {2021}
}