疏水相互作用在 $\beta$-折叠片层折叠中的作用
生物大分子
2020-09-17 v1
摘要
探索蛋白质折叠问题是分子生物学中长期的挑战。蛋白质折叠高度依赖于二级结构的折叠以铺就天然折叠路径。此处我们证明，在几乎所有实验测定的 -折叠片层中，普遍存在一个特征：覆盖相邻 -股一侧或另一侧大多数侧链的大疏水表面积，表明 -折叠片层的折叠极可能由未折叠多肽相邻侧链间的多阶段疏水相互作用触发，使 -折叠片层在水环境中遵循明确的物理折叠密码可重复地折叠。-转角常含有五类侧链相对暴露疏水比例较小的残基，这被解释为这些残基可阻断序列中相邻侧链间的疏水效应。因此，-折叠片层折叠的温度依赖性归因于疏水性强度的温度依赖性。基于疏水效应的 -折叠片层折叠机制通过来自实验的成千上万结果之生物信息学分析得到验证。从 -股状热力学亚稳态评估未折叠多肽侧链间疏水相互作用，可破译氨基酸序列中支配 -发夹形成的折叠密码。
引用
@article{arxiv.2009.07466,
title = {The role of hydrophobic interactions in folding of $\beta$-sheets},
author = {Jiacheng Li and Xiaoliang Ma and Hongchi Zhang and Chengyu Hou and Liping Shi and Shuai Guo and Chenchen Liao and Bing Zheng and Lin Ye and Lin Yang and Xiaodong He},
journal= {arXiv preprint arXiv:2009.07466},
year = {2020}
}