蛋白质接触网络中的同配混合与蛋白质折叠动力学
分子网络
2007-11-20 v1 生物大分子
摘要
从氨基酸线性链开始，蛋白质自发折叠成其复杂的三维结构是生物自组织的显著例子之一。我们从复杂网络的视角研究了 30 个单域、双态蛋白质的天然态结构，以理解拓扑参数在蛋白质折叠动力学中的作用，在两个长度尺度上——作为「蛋白质接触网络（PCNs）」及其对应的「长程相互作用网络（LINs）」（通过忽略短程相互作用构建）。我们的结果表明，PCNs 和 LINs 都表现出「同配混合」这一异常拓扑特性，该特性在所有其他已研究的生物和技术网络中均不存在。我们证明这些接触网络的度分布部分负责观测到的同配性。同配系数在短程和长程接触尺度上都与蛋白质折叠速率呈正相关，而仅 LINs 的聚类系数呈负相关。结果表明，这些天然演化蛋白质网络的一般拓扑参数可以有效表征结构性和功能性特征，这些特征对于促进残基间快速信息传递以实现变构、稳定性及折叠速率等生化/动力学功能是必需的。
引用
@article{arxiv.0711.2723,
title = {Assortative mixing in Protein Contact Networks and protein folding kinetics},
author = {Ganesh Bagler and Somdatta Sinha},
journal= {arXiv preprint arXiv:0711.2723},
year = {2007}
}
备注
Published in Bioinformatics