单价离子调控RNA假结多条折叠路径的通量
生物大分子
2022-10-12 v1 软凝聚态物质
生物物理
化学物理
摘要
RNA假结（PKs）是最小的三级结构基序，也是多种核酶和核糖核蛋白复合物的组成部分，其功能由其结构、稳定性和动力学决定。因此，阐明支配其热力学/折叠机制的一般原理至关重要。在此，我们结合实验和模拟，研究了VPK假结（一种参与核糖体移码的小鼠乳腺肿瘤病毒（MMTV）PK变体）的折叠/去折叠路径。置于PK不同茎/环位置的荧光核苷酸类似物（2-氨基嘌呤和吡咯并胞苷）以及激光温度跃迁方法作为局部探针，使我们能够监测具有不同内在稳定性的两个螺旋的VPK组装顺序。实验和分子模拟表明，在50 mM KCl条件下，主导折叠路径仅布居更稳定的部分折叠发夹结构。随着盐浓度增加，一条并行折叠路径出现，涉及较不稳定的发夹结构作为替代中间体。值得注意的是，路径之间的通量受离子强度调控。这些发现支持了PK结构形成顺序由发夹的相对稳定性决定这一原理，而相对稳定性可通过序列变化或盐浓度改变。我们的研究不仅明确证明了PK通过并行路径折叠，而且确立了RNA自组装的定量描述需要实验与模拟的协同结合。
引用
@article{arxiv.1710.06953,
title = {Monovalent ions modulate the flux through multiple folding pathways of an RNA pseudoknot},
author = {Jorjethe Roca and Naoto Hori and Yogambigai Velmurugu and Ranjani Narayanan and Prasanth Narayanan and D. Thirumalai and Anjum Ansari},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.06953},
year = {2022}
}
备注
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