单价和二价离子溶液中RNA发夹的三维结构、柔性与稳定性的预测
生物物理
2015-12-18 v1 软凝聚态物质
化学物理
计算物理
摘要
对RNA介导的生物学的全面理解需要掌握RNA的三维（3D）结构、结构柔性和稳定性。为了预测RNA三维结构和稳定性，我们之前提出了一种具有隐式盐/溶剂势的三珠粗粒化预测模型。在本研究中，我们通过改进隐式盐静电势并引入序列依赖的共轴堆积势来进一步发展该模型，使模型能够在二价/单价离子溶液中模拟RNA三维结构折叠。与实验数据相比，本模型可以在相应的实验离子条件下从序列预测具有凸出/内部环（<77nt）的RNA发夹的3D结构，且总体精度提高；该模型还能在广泛的二价/单价离子条件下可靠地预测具有不同长度凸出环的RNA发夹的柔性。此外，该模型成功预测了二价/单价离子溶液中具有不同环/茎的RNA发夹的稳定性。
引用
@article{arxiv.1512.05451,
title = {Predicting 3D structure, flexibility and stability of RNA hairpins in monovalent and divalent ion solutions},
author = {Ya-Zhou Shi and Lei Jin and Feng-Hua Wang and Xiao-Long Zhu and Zhi-Jie Tan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.05451},
year = {2015}
}
备注
24 pages,8 figures