RNA 的图论划分与假结分类-II
生物大分子
2021-09-09 v1
摘要
对偶图已被用于建模带假结（即交织碱基对）的 RNA 二级结构。在先前工作中，我们引入了线性时间算法将对偶图划分为称为块的最大连通分量，并确定每个块是否含有假结。由于假结不能被包含在两个不同的块中，这一刻画使我们能高效分离较小的 RNA 片段并将其分类为假结区或无假结区，同时保持这些子结构完整。此外，我们通过将假结分类为递归或非递归扩展了划分算法，以推进我们基于片段组装的 RNA 设计构建块库研究。本文提出一种利用先前结果并将假结基于 RNA 二级结构的新表示——对偶有向图（即 digraphs）——分类为经典的 H、K、L 和 M 型的方法。该分类有助于 RNA 结构的系统分析与预测，例如实现更精确的折叠算法。
引用
@article{arxiv.2109.03236,
title = {Graph-Theoretic Partitioning of RNAs and Classification of Pseudoknots-II},
author = {Louis Petingi},
journal= {arXiv preprint arXiv:2109.03236},
year = {2021}
}