通过最大化堆叠对数预测带有任意假线的 RNA 二级结构
计算工程、金融与科学
2007-05-23 v1 数据结构与算法
q-bio
摘要
本文研究了预测 RNA 二级结构的计算问题。普遍认为，允许假线会使问题难以解决。现有的多项式时间算法是缺乏性能保证的启发式算法，只能处理有限类型的假线。在本文中，我们提出首次研究在允许任意假线的同时最大化堆叠对数的 RNA 二级结构预测问题。我们获得了两个近似算法，其最坏情况近似比率分别为 1/2 和 1/3，用于平面和一般二级结构。对于长度为 的 RNA 序列，平面二级结构的近似算法运行时间为 ，而一般情况下的近似算法则为线性时间。此外，我们证明允许假线会使最大化平面二级结构中堆叠对数的问题成为 NP-hard。这一结果与最近基于优化某些通用且复杂能量函数的假线 NP-hard 结果形成鲜明对比。
引用
@article{arxiv.cs/0111051,
title = {Predicting RNA Secondary Structures with Arbitrary Pseudoknots by Maximizing the Number of Stacking Pairs},
author = {Samuel Ieong and Ming-Yang Kao and Tak-Wah Lam and Wing-Kin Sung and Siu-Ming Yiu},
journal= {arXiv preprint arXiv:cs/0111051},
year = {2007}
}
备注
A preliminary version of this work appeared in Proceedings of the IEEE International Symposium on Bio-Informatics & Biomedical Engineering (BIBE 2001), Washington, DC, 2001