介观尺度下的 DNA 信标建模
软凝聚态物质
2007-10-01 v1 统计力学
生物物理
摘要
我们报告了关于 DNA 单链的模型计算，描述了发夹结构形成和熔解的平衡动力学与 kinetics。建模处于单碱基水平。链刚性用简单的聚合物模型描述；报告了使用自由旋转链模型和离散 Kratky-Porod 模型进行的替代计算。茎部形成根据 Peyrard-Bishop-Dauxois 哈密顿量进行建模。开合动力学用有效自由能景观中的扩散控制运动来描述。熔解曲线、熔解温度对环长度的依赖性以及动力学时间尺度与从形成 poly(T) 环的荧光 DNA 信标获得的实验数据在半定量上一致。链刚性的变化不足以解释在形成 poly(A) 环的发夹结构中观察到的巨大闭合活化焓和强烈的环长度依赖性。讨论了这对 DNA 或 RNA 单链建模的启示。
引用
@article{arxiv.0706.2458,
title = {Modeling DNA beacons at the mesoscopic scale},
author = {Jalal Errami and Michel Peyrard and Nikos Theodorakopoulos},
journal= {arXiv preprint arXiv:0706.2458},
year = {2007}
}
评论
15 pages, 17 figures, submitted to Eur. J. Phys. E