环状DNA拓扑态的温度依赖性
生物大分子
2009-05-04 v1 定量方法
摘要
环状双链DNA具有由连接数定义的不同拓扑态。连接数的平衡分布可通过连接酶将线性DNA连接成环状来获得。利用蒙特卡洛模拟，我们预测了小环状DNA连接数分布的温度依赖性。我们的预测基于由DNA碱基对局部熔解或解堆叠产生的柔性缺陷激发。我们发现，仅弯曲刚度的降低就足以引起短环状DNA连接数分布方差的显著变化。若缺陷伴随局部解旋，该效应将变得更加显著。这些预测易于在实验中验证，为研究急剧弯曲DNA的微观力学以及特定DNA序列的热稳定性提供了新方法。此外，这些预测可直接应用于研究DNA扭曲蛋白的结合，这些蛋白能局部降低DNA刚性、形成DNA扭结或引入局部解旋。
引用
@article{arxiv.0904.3584,
title = {Temperature dependence of circular DNA topological states},
author = {Hu Chen and Yanhui Liu and Zhen Zhou and Lin Hu and Zhong-Can Ou-Yang and Jie Yan},
journal= {arXiv preprint arXiv:0904.3584},
year = {2009}
}
备注
15 pages in preprint format, 4 figures