扭结与柔性铰链缺陷对短双链 DNA 分子力学响应的影响
生物大分子
2009-05-04 v2 定量方法
摘要
我们预测了局部 DNA 缺陷存在时可检测到的各种力学响应，这些缺陷被定义为表现出明显不同于基于 50 nm 持久长度半柔性聚合物模型的力学性质的短 DNA 片段。所讨论的缺陷包括永久固定在 DNA 上或热激发的扭结和柔性铰链。我们使用转移矩阵法计算了它们对伸长偏移、有效持久长度、端到端距离分布以及环化概率的影响。我们的预测将有助于未来的实验设计，以利用磁镊、荧光共振能量转移或等离子体共振技术研究 DNA 切口或错配碱基对、特定 DNA 序列的力学性质以及特定的 DNA-蛋白质相互作用，并进行传统的生物化学环化概率测量。
引用
@article{arxiv.0802.0356,
title = {Effects of kink and flexible hinge defects on mechanical responses of short double stranded DNA molecules},
author = {Hu Chen and Jie Yan},
journal= {arXiv preprint arXiv:0802.0356},
year = {2009}
}
备注
9 pages with 9 figures. Theoretical calculation based on transfer matrix. Minor updates, a new figure and more discussions are added