计算杆状DNA纳米结构的弹性力学性质
软凝聚态物质
2021-03-10 v1
摘要
为研究杆状DNA纳米结构的弹性性质，我们使用oxDNA粗粒化模型对这些结构进行长时间模拟。通过分析这些轨迹中的涨落，我们估计了弯曲与扭转持久长度，以及 underlying 的弯曲与扭转弹性模量及其间的耦合。仅在超出与螺旋间交叉点间距相关的长度尺度上，弯曲涨落才表现得如同蠕虫状链一般。所得弯曲持久长度远大于双链DNA的相应值，并随螺旋数非线性增加，而扭转模量近似线性增加。在我们数据的数值误差范围内，扭转-弯曲耦合常数约为零。我们所获弯曲持久长度通常略高于实验值，这可能既反映了所模拟的折纸结构无组装缺陷，也反映了oxDNA对双链DNA的拉伸模量过大。
引用
@article{arxiv.2006.15029,
title = {Computing the elastic mechanical properties of rod-like DNA nanostructures},
author = {Hemani Chhabra and Garima Mishra and Yijing Cao and Domen Prešern and Enrico Skoruppa and Maxime M. C. Tortora and Jonathan P. K. Doye},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.15029},
year = {2021}
}